МБОУ "Козьмодемьянская средняя общеобразовательная школа" ведёт преподавание в 1-4 классах по ООП НОО, в 5-9 классах по ООП ООО, в 10-11 класах в соответствии с ГОС по следующим образовательным программам:
Основная образовательная программа начального общего образования реализуется с 1 по 4 класс
Основная образовательная программа основного общего образования реализуется с 5 по 9 класс
Основная образовательная программа среднего общего образования реализуется с 10 по 11 класс
Основная образовательная программа дошкольного образования
Обучающиеся с умственной отсталостью (интеллектуальными нарушениями) обучаются по АООП НОО с 1 по 4 класс, АООП ООО с 5 по 9 класс:
Адаптированная основная общеобразовательная программа начального общего образования
Адаптированная основная общеобразовательная программа основного общего образования